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企业选择预缴申报选享受上半年研发费用加计扣除还是在次年汇算清缴统一享受，应当在申报前全面归集、整理并当真研判。考虑到上半年研发费用加计扣除是在第三季度（或9月份）预缴申报时享受，原则上对于留存备查资料的整理完成不会存在问题。企业无论选择哪一种方式享受研发费用加计扣除，都应在划定时间内，将划定要求留存备查资料归集和整理完毕，以备税务机关核查。

企业应当如实留存如下资料：

（1）自主、委托、合作研究开辟项目计划书和企业有权部门关于自主、委托、合作研究开辟项目立项的决议文件；

（2）自主、委托、合作研究开辟专门机构或项目组的编制情况和研发人员名单；

（3）经科技行政主管部门登记的委托、合作研究开辟项目的合同；

（4）从事研发活动的人员（包括外聘人员）和用于研发活动的仪器、设备、无形资产的费用分派说明（包括工作使用情况记录及费用分派计算证据材料）；

（5）集中研发项目研发费决算表、集中研发项目费用分摊明细情况表和实际分享收益比例等资料；

（6）“研发支出”辅助账及汇总表；

（7）企业如果已取得地市级（含）以上科技行政主管部门出具的鉴定意见，应作为资料留存备查。